我国环境保护科技队伍主要是由两大部分组成：一部分是环保部门所属的科研院所，另一部分是各行业部门、大专院校以及企业所属的环境技术开发研究机构。这两部分环保技术开发研究机构，为推进环保技术进步，提高我国环境污染防治技术水平，发展环境保护事业，做出了很大的贡献。

但是，由于受过去计划经济的影响，形成了一套僵硬的环保科技体制和科研运作机制，既制约了环保科研单位的积极性，又影响了环保科技成果迅速地向产业化转化；使环保科学技术没有再环保领域取得应有的地位，应有的作用也没有最大限度地发挥；使我国环境污染防治能力在总体上与国际先进水平有差距。这种状况持续下去，将不利于我国今后环保事业健康快速发展。

21世纪是知识的时代，是技术的世纪，也是绿色文明更加高度发展的世纪，保护环境将成为新世纪更加响亮的主旋律。为此，从环保科技发展的战略高度，审时度势，改革现行的环保科技体制，从宏观上做好引导和筹划，建立面向未来的环保科技体制和科研运作机制，以满足我国未来环境保护对环保技术的需求，是非常必要的，也是十分紧迫的。

弊端之一：单纯把环境保护科学研究作为一项具有社会公益性的事业活动。长期以来，国家对环保科研给予了政策上的大力支持，对从事环保科研的单位主要通过政府财政拨款的方式，来支持和保障环保科研活动的开展。这对我国环保科技的发展和进步，提高保护环境防治污染的能力，起到了积极的作用。

特别是一些宏观性的、基础性的以及一些解决重大环境问题应用性的环保科研课题的研究，至今还在为我国环境保护发挥着重要的作用。但是，正是由于我们把环保科研工作单纯看成是一项社会公益活动，形成了主要依靠政府投资，社会投入较少的局面。

因此，环保科研经费不足，制约了环保科研的快速发展和科研水平的提高。也导致了许多环保科研成果只能停留在小试阶段，无经费进行中试或工业性试验，难以转化成现实的生产力，不能实现技术的产业化，也不能在经济发展和保护环境中发挥这些科研成果的作用。即使是成熟的环保科研成果，由于没有强有力的推广应用机制，也很难进入环保市场去发挥应有的作用。

    弊端之二：环保科研单位隶属关系复杂，既有中央各部门的，又有地方政府的，既有环保系统的，又有非环保系统的，既有独立的研究单位，又有从属于企业的研究单位，形式多样。由于政企、政事没有分开，各个地方和行业部门都要为自己所属的科研单位提供保护，从而对本行业的市场形成垄断。比如环保系统的科研单位，过去缺乏主动寻求市场的积极性，主要依靠吃政策饭，把精力放在从事环境影响评价或上级下达的一些软课题研究上，而忽视环保应用技术的开发研究，结果导致环保系统的科研单位在环保硬技术的研究方面反倒落后于其他行业部门或企业的研究单位的局面。而其他行业部门的环境研究所也由于受行业垄断的影响，只能在本行业发挥自己的作用，很难渗透到其他行业的环保领域中发挥作用。这种环保科研单位的行业所有制造成巨大的人力资源的浪费，严重地制约了环保科研和技术的进步。

弊端之三：在传统的体制下，科研与生产脱离，与市场脱离。由于现有的许多环保科研机构是单独的事业单位，与企业是分离的，科研机构从组织结构上就与生产企业是脱节的，这种天生的缺陷就决定了科研难以与企业的生产紧密地结合起来。因此，环保科研单位的研究方向和重点，有很多时候是跟市场和生产活动是脱节的，市场需要的技术由于利益驱动力不强，可能研究单位根本没有兴趣去研究。而市场不需要的技术，研究机构却可能花很大精力去研究。再加之我们过去评价科研人员的成果不是评价他的研究成果在生产中发挥多大作用，产生了多大经济效益和环境效益。而是通过专家评价是否达到某种水平就满足了。因此，科研人员就更不可能去关注研究的成果如何与生产与市场紧密结合，只要是能获得较高的专家评价就完成了研究任务，就达到研究目的了。环保科研的这种运行形式与科研成果评价方式，决定了环保科研成果不能快速实现其产业化为环境保护服务。

    弊端之四：环保科技服务体系和保障机制不完善。科技开发既孕育着成功的可能，也隐含着失败的风险。由于我国科技服务体系和风险保障体系不完善，没有任何一个单位能够独立承担在科技开发向技术产业化过程中存在的风险。科研单位由于资金短缺无力承担，生产企业由于看不到技术转化的前景不愿承担，社会因缺乏风险保障体系无法承担，国家因财力有限不能承担。在科研服务和保障体系不完善的情况下，一些很有前景的环保科研成果难于实现产业化，走向经济服务的第一线发挥作用。

    弊端之五：环保科研机构设置的行政化，造成布局不合理，资源的浪费。环保系统的科研机构从上到下按行政区域设置，再加上其他行业部门的环保科研机构，往往出现同一区域有几个环保科研机构的现象，相互之间抢市场、争任务。环保科研机构设置布局不合理，使得环保科研投资分散，重复建设，形不成规模效应，研究机构虽多，但研究开发能力并不强，造成资源的巨大浪费。

    弊端之六：政府部门对环保科技缺乏战略上的引导。主要表现为政府主管部门对环保科研很少提出从宏观上，战略上和基础上需要进行研究的课题，一般都是被动地由各研究单位凭着自己的主观愿望提出科研题目上报，主管部门从中挑选出环保科研项目组织研究，这种方式既体现不了国家的宏观需要，又缺乏竞争机制，难以进一步提高环保科研的水平。由于国家对环保科研缺少发展方向和发展方式上的引导，使得环保科研体现不出国家环保科研的重点，以及不同层次的需求，结果是把大量的力量花在了分课题、分经费、搞检查，抓课题鉴定和验收上。真正有重点、有目标、有针对性地组织带战略性、宏观性、基础性、关键性的环境问题的研究反而不足。