在“三同时"制度中，环境保护行政主管部门的主要职责如下：对建设项目初步设计中的环境保护篇章进行审查；对建设施工中的环境保护情况进行检查；对环境保护设施的竣工进行验收；对环境保护设施运转和使用情况进行监督检查；依法对“三同时"制度的违反者，追究行政责任。

    水行政主管部门参加建设项目中的水土保持设施。

    建设项目主管部门负责：初步设计中环境保护篇章和环保设施竣工验收的预审；监督建设项目的设计与施工中的环境保护措施的落实；监督建设项目竣工验收后环境保护设施的正常运转。

    对违反“三同时"制度规定，试生产建设项目配套建设的环境保护设施未与主体工程同时投入试运行的，由审批该建设项目环境影响评价文件的环境保护行政主管部门责令限期改正；逾期不改正的，责令停止试生产，可以处以罚款。

    对违反“三同时"制度规定，建设项目投入试生产超过3个月，建设单位未申请环境保护设施竣工验收的，由审批该建设项目环境影响评价文件的环境保护行政主管部门责令限期办理环境保护设施竣工验收手续；逾期未办理的，责令停止试生产，可以处以罚款。

对违反“三同时”制度规定，建设项目需要配套建设的环境保护设施未建成、未经验收或者经验收不合格，主体工程正式投人生产或者使用的，由审批该建设项目环境影响文件的环境保护行政主管部门责令停止生产或者使用，可以处以罚款。