(一)实行许可证制度的意义

    许可证制度是一个运用十分广泛的行政管理制度。尽管在贸易自由化和经济市场化的形势下，这一制度的适用受到一定限制，但它作为国家干预管理的一项重要手段，在环境保护领域仍保持着它的特殊地位和作用，并得到广泛使用，是国家加强环境管理而采取的一种卓有成效的行政管理措施，被称为污染控制法的“支柱”。在包括海洋环境保护法、固体废物污染环境防治法、矿产资源法、森林法等等在内的大量环境保护法和相关自然资源法之中都不同程度地规定和适用了这一制度，在相应的环境和资源管理中发挥着重要作用。首先，它便于主管机关及时掌握各方面的情况，及时制止不当规划、开发及各种损害环境的活动，及时发现违法者，加强国家环境保护的监督检查职能的行使。其次，便于把影响环境的各种开发、建设、排污活动纳入国家统～管理的轨道，把各种影响环境和排污活动严格限制在国家规定的范围内，使国家能够有效地进行环境管理。最后便于主管机关针对不同情况，采取灵活的管理办法，规定具体的限制条件和特殊要求，促使企业加强环境管理。进行技术改造和工艺改造，尽量避免和减少污染和破坏，从而使各种法规、标准和措施的执行更加具体化、合理化。当然也需要加强对有关机关在进行许可证审批、发放工作的监督与制约，以克服这种制度有可能产生的弊端与缺陷。

    （二）许可证制度的含义和类型

    环境保护法中的许可证制度，是指凡是对于环境有不良影响的各种规划、开发、建设项目、排污设施或经营活动，其建设者或经营者，需要事先提出申请，经主管部门审查批准，颁发许可证后才能从事该项活动的制度。它是对环境行政许可的简称，是有关环境行政许可的原则、条件、内容、程序、保证措施的法律规定的总和，是环境行政许可工作的法定化、制度化。许可证制度在我国的环境保护的监督管理中得到了广泛适用，许可证的种类繁多。目前我国环境保护法中规定的许可证主要有：排污许可证(如排放大气污染物许可证和排放水污染物许可证)、海洋倾倒(废物)许可证、放射工作许可证、核设施安全许可证、化学危险品生产许可证、经营许可证等等。

    （三）许可证制度的管理程序

    许可证制度是一项复杂系统的行政管理活动。其管理程序大致包括以下几个方面：(1)申请。这是许可证制度运行的发端，即由申请人向主管机关提出书面申请，并附有为审查所必需的各种材料。(2)审查。这是许可证制度运行的关键环节，也是这一制度功能得以实现的保障。即主管机关根据相关的法律规定在法定的时间内对申请人提交的各种材料进行实质或形式上的审查。一般要在报刊上公布该项申请，在规定的时间内征求公众和各方面的意见。主管机关在听取各方面意见后，综合考虑该申请对环境的影响，对申请进行审查。(3)决定。即作出颁发或拒绝颁发许可证的决定。这是主管机关在经过审查后对于申请人作出的结论性答复。同意颁发许可证时，主管机关可依法规定持证人应尽的义务和各种限制条件；拒绝颁发许可证时也应说明拒绝颁发的理由。(4)监督处理。主管机关在做出颁发许可证的决定后并不意味着它的职责履行完毕，还须对持证人执行许可证的情况随时进行监督检查，在情况发生变化或持证人的活动影响周围公众利益时，可以修改许可证中原来规定的条件。如果持证人违反许可证规定的义务或限制条件而导致环境损害或其他后果时，主管机关可以中止、吊销许可证，违法者还要被依法追究法律责任。可见，严格的管理程序既是对于被许可主体的有力监督和制约，有助于实现该制度的目的和功能，同时，也是对于主管机关的一种制约和鞭策。这也是现代行政法制的基本精神和灵魂。

    （四）排污许可证

    在我国环境保护法的诸多许可证制度中，排污许可证是在环境监督管理中适用最广泛的一种。所谓排污许可证就是有关排放污染物许可证方面的制度，是比申报登记制度更严格的对特殊环境进行科学化、目标化和定量化管理的一种制度。我国于1988年开始进行排放水污染物许可证制度的试点工作，1991年开始在上海等城市进行排放大气污染物许可证制度的试点工作。实践证明这一制度的实施对于使国家控制污染的政策具体化，使控制污染物的法律更具可操作性，强化政府对排污单位的监督管理，促进企业加强内部环境管理、推行清洁生产等方面都具有积极意义。

    排污许可证制度由国务院环境保护行政主管部门和地方各级政府的环境保护行政主管部门组织实施和统一监督管理。其内容包括适用范围、许可条件、许可证的内容、许可证的管理程序、许可证的保障措施、管理机构、许可活动的监督检查等。一般而言，排污许可证可适用于向环境排放污染物的一切单位和个人，但由于我国还不具备大规模实施这一制度的条件而采取逐步推行的政策，所以适用范围由有关规范性文件具体规定，如《水污染物排放许可证管理暂行办法》。

    排污许可证的管理程序一般包括告知、申请、受理、审核、决定、复议、执行、检查、处理等环节。具体到水污染物排放许可证制度的管理程序而言，包括以下几个阶段：(1)排污申报登记。这是发放许可证的重要基础工作，要求排污单位在指定时间内向当地环境保护部门办理申报登记手续。(2)确定本地区污染物总量控制目标和分配污染物总量削减指标。这是发放许可证的最核心的工作。地区污染物总量控制指标可以根据水体功能和水域容许纳污量来确定；污染物总量削减指标可以根据水环境目标的要求，以某一年污染物排放总量为基础来确定。(3)排污许可证的审批发放。审批发放许可证要对排污者规定必须遵守的条件，如污染物的允许排放量、规定排污口的位置、排放方式、排放最高浓度等。(4)排污许可证的监督检查和管理。这是许可证制度能否有效执行的关键。对此，要建立必要的监督检查制度，对重点排污单位环保部门都要配备监测人员和设备，逐步完善监测体系。同时要配备必要的专业管理人员，健全许可证的管理体系。