《水污染防治法》第4条对水污染防治的统管与分管的监督管理机构和职能作了具体规定：各级人民政府环境保护行政主管部门是对水污染防治实施统一监督管理的机关；各级交通部门的航政机关是对船舶污染实施监督管理的机关；各级人民政府的水利管理部门、卫生行政部门、地质矿产部门、市政管理部门、重要江河的水源保护机构，结合各自的职责、协同环境保护部门对水污染防治实施监督管理。根据《水污染防治法》第28条的规定，渔政监督管理机构负责渔业污染事故的处理。这些规定，有利于发挥分管部门的积极性，共同做好监督管理工作。

   《水污染防治法》第9条至第11条，规定了防治水污染的三项具体原则：

    (1)水污染防治与水资源保护相结合原则。在开发、利用和调节、调度水资源时，国务院有关部门和地方各级政府应当“统筹兼顾”处理好水污染防治与水资源保护的关系，“维护江河的合理流量和湖泊、水库以及地下水体的合理水位，维护水体的自然净化能力"。

    (2)防治水污染应当按流域或者按区域统一规划原则。水污染防治规划应当按照流域或者按区域进行统一编制，经批准的江河流域水污染防治规划是地方政府组织制定本行政区域水污染防治规划的基本依据。其中的“江河流域"包括国家确定的重要江河流域和其他跨省、跨县江河流域。对前者的防治规划，由国务院环境保护行政主管部门会同计划、水利等行政主管部门和有关省级人民政府编制，报国务院批准；后者的防治规划，根据国家确定的重要江河流域的水污染防治规划和本地区的实际情况，由省级以上人民政府环境保护行政主管部门会同水利行政主管部门和有关地方人民政府编制，报国务院或者省级人民政府批准。通过流域规划将各地区的水污染防治与流域的水环境质量目标联系起来，可以较有效地解决好上、下游不同行政区域水污染防治的协调、监督管理工作。

    (3)水污染防治与企业布局、改造相结合原则。国务院有关部门和地方各级人民政府，应当合理规划工业布局，对造成水污染的企业进行整顿和技术改造。属于布局不合理，经济效益差，污染危害大，又治理不好的企业，要坚决采取关停并转迁的措施；对其他企业，要采用原材料利用率高、污染物排放量少的清洁生产工艺、设备，采取综合防治措施，提高水的重复利用率，减少污染物的排放量，把企业的整顿改造与水污染结合起来，以提高企业的经济效益和环境效益。