大部分室内空气污染物直接影响呼吸和心血管系统。室内空气污染对人类呼吸系统的直接健康效应，随暴露强度和持续时间而改变，随暴露人群的健康状态而变化。像婴儿和老人、已经患有呼吸疾病的人、过敏反应者以及正在锻炼的人，这样的人群有较高的危险度。 

主动和被动吸人香烟烟雾，会导致肺功能降低，呼吸症状和感染增加，以及肺癌发病增加。吸人人与动物排放的传染性微生物，会引起大部分急性呼吸感染。通风量降低，增加使用未经处理的循环空气，会使室内环境中的微生物浓度增加。室外过敏源、室内尘螨，以及高湿度室内环境中的霉菌，都会引起过敏性哮喘(下气道可逆性狭窄)，儿童和青年的过敏性鼻结膜炎，以及肺炎的周期发作或气喘的温和发作。已报道的挥发性有机成分健康效应范围，从感官刺激一直到行为影响、神经中毒、肝中毒和遗传中毒等效应。公认可出现健康效应的浓度，通常都远高于在室内空气中的测量值。

混合VOC的暴露可能是引起不良建筑综合征(SBS)的一个重要原因。石棉和其他矿物纤维可能是引起肺癌发病增加的一个原因。石棉和玻璃纤维的急性暴露会产生严重的皮肤刺激。更为复杂的健康效应是SBS和建筑相关疾病(BR1)。SBS是病因学尚未归类的一种特殊症状，当工作或生活在特定建筑物中时，人们会出现这种症状，但一旦离开，症状就会消失。症状包括黏膜、皮肤和眼睛刺激，胸闷，疲劳，头痛，抑郁，嗜睡，注意力不集中，气味烦恼和流行性感冒症状。SBS通常不能归因于已知污染物的过量暴露，或归因于通风系统缺陷。可能要涉及多种因素：物理因素，包括温度、相对湿度、通风率、人工光源、噪声和振动；化学因素，包括吸烟环境、HCHO、VOC、农药、气味、CO、C02、N02和03；生物和心理因素。