自1993年初我国开始清洁生产试点示范和相关研究以来，各地进行了不断的探索和努力，取得了一些成绩。但是，目前清洁生产在运行机制和具体实施过程中还存在一些问题。主要表现在两个方面：

一方面，企业参加清洁生产审计的热情不高。从中国实施清洁生产的实际情况来看，参加过清洁生产审计的企业普遍获得明显的环境和经济效益。根据审计报告，平均每个企业削减主要污染物20%以上，每年获得经济效益超过100万元。但是，由于宣传力度不够，相关政策不配套，清洁生产没有真正与企业市场销售挂钩，因此，企业普遍缺乏积极性。也还有部分企业急功近利，只求短期效益，对清洁生产带来的远期效应并不积极，不愿在清洁生产上采取过多的措施和投入。

另一方面，清洁生产审计的成果持续性差。目前，由于经济技术条件的限制，我国清洁生产审计的成果主要是靠无/低费方案取得的，在清洁生产审计时企业都将无/低费方案作为实施清洁生产的基本要求，主要采取强化管理和部分技术措施推进清洁生产的方案实施。然而，审计结束一段时间后，许多企业又恢复了过去的管理和操作水平，使清洁生产的成果难以持久保持。据对联合国环境规划署工业环境管理网络在中国淮河流域实施的27个纸浆造纸厂清洁生产项目的调查，部分企业在审计完成半年或一年后又回到过去的松散管理状态。

    再一方面是清洁生产在我国没有规模化发展，在“点”上做的工作多，“面”上做的工作少，取得的成效有限，社会影响力也不大，相当多的企业并不知道什么是清洁生产以及清洁生产的重要意义。使我国清洁生产在整体上处于低水平层次发展。

    存在问题的原因在于：

    一是一些企业领导人环境意识不高，对清洁生产不了解，甚至存在一些误解。把清洁生产仅仅看成是解决环境问题的措施，并不了解清洁生产对促进技术进步、提高劳动生产率和经济效益，降低生产成本、增强企业的市场竞争力，提高企业管理水平等方面的作用，实施清洁生产有些是长远效应，有的企业只注重短期效益，不愿为长远效益投入资金，导致清洁生产的推动受到阻碍。

    二是地方环境执法力不够，排污收费不到位，导致部分企业宁愿花较少的钱买排污权，也不愿花较多的钱搞清洁生产，使其企业缺少实行清洁生产的动力。此外，执法不严，使实行清洁生产和不实行清洁生产的企业处于不平等竞争状态，不实行清洁生产的企业有可能由于将污染治理成本转移给社会，其产品可能更具有市场竞争力，这对实施清洁生产的企业来说是不公平的，因缺少市场竞争力，从而挫伤其实施清洁生产的积极性。

三是缺乏清洁生产的技术引导，由于各行业、各地区发展情况差异很大，不同行业、不同地区企业开展清洁生产的起点也不同，需进行分类指导。目前，具有分类指导功能的行业清洁生产技术指南和审计规范还不完善。因此，对企业开展清洁生产的技术指导不足。虽然在国际组织的帮助下，做了一些清洁生产的工作，但具体项目和研究性质的内容较多，从政府管理层面上做的指导性工作较少，始终没有形成政府的强有力的指导能力和手段，已做的一些工作其影响力也有限。

四是缺乏清洁生产鼓励政策和资金补偿机制。发达国家推进清洁生产主要是通过政府补贴和政策引导相结合进行的，而我国目前政府提供的资金非常有限，主要还是依靠发达国家的多边或双边援助，以及世界银行，亚洲开发银行和联合国有关机构的资助，缺少相应的清洁生产激励政策和资金补偿，使得企业自愿实行清洁生产的积极性不高。

五是清洁生产技术服务体系不完善，缺少对企业的清洁生产技术信息服务，使得地方环保部门和企业很难获得清洁生产方面的技术信息，得不到相应的技术支持，难以开展工作。